聖杯戦争。 奇蹟を叶える『遺物』を巡る生存競争。 意志と能力を秤にかけた、七人の魔術師と七騎の英霊による、数十年に一度の大儀式。
――――Fate
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冬木市を襲った大災害によって両親を失った主人公・衛宮士郎は“魔法使い”を名乗る人物・衛宮切嗣に引き取られた。 魔術という神秘との触れ合い。 憧れであった養父切嗣の死。 炎の中、危険を顧みずに助けてくれた衛宮切嗣に『正義の味方』を見た少年は、それを支えに半人前の魔術師として成長した。
冬木市を襲った大災害からはや十年。 かつて無力だった少年の是非を問うように、異変は冬木市を侵食していく。 連続する集団昏睡事故、猟奇犯罪。 活気を失っていく夜の街。 その渦中がなんであるのか知らないまま、運命の夜は訪れた。突然の凶刃。穿たれる心臓。二度目の死。 己の無力を噛みしめる少年の手を、鮮やかな剣戟が握り返す。 サーヴァント・ランサーを一撃のもとに押し返す剣の火花。
「―――問おう。貴方が私のマスターか」
少年の前には一人の少女。 銀の甲冑に身を包んだ剣の騎士、セイバーの姿があった。
幾つかの偶然と幾つかの戦いの末、衛宮士郎は自身が聖杯戦争を担うマスターである事を受け入れた。 聖杯に選ばれた魔術師はマスターと呼ばれ、 マスターに喚ばれた使い魔はサーヴァントと呼ば れる。 彼が契約したサーヴァントはセイバー。 剣の英霊、他を圧倒する最優のサーヴァント。 騎士 "セイバー" 槍兵 "ランサー" 弓兵 "アーチャー" 騎兵 "ライダー" 魔術師 "キャスター" 暗殺者 "アサシン" 狂戦士 "バーサーカー"
だが、敵はいずれ劣らぬ歴戦の英傑、魔人たち。 何の知識もないままマスターとなった衛宮士郎。 未熟な魔術師をマスターとしたセイバー。 敵は六組。 勝ち残る術はあまりにも細く、遠い。